Okręg zagrożony tworzy się w promieniu 5 km wokół pasieki zapowietrzonej. W okręgu zagrożonym wojewoda wydaje zakaz obrotu pni pszczelich, pszczół, sprzętu i narzędzi pasiecznych oraz produktów pszczelarskich, urządzania wystaw i przetargów. Po likwidacji zgnilca złośliwego w pasiece zapowietrzonej należy przeprowadzić w okręgu zagrożonym przegląd wszystkich pasiek. Do dokonywania przeglądów są upoważnieni pracownicy służby weterynaryjnej lub delegowani w tym celu kontrolerzy higieny pasiek. Wojewoda na wniosek wojewódzkiego lekarza weterynarii uznaje zarazę za wygasłą i uchyla zarządzenia, jeżeli wszystkie pnie zostały zlikwidowane i ule odkażone, a zastosowane postępowanie lecznicze doprowadziło do likwidacji zarazy i badanie pasieki przeprowadzone po 4-6 tygodniach od chwili likwidacji zarazy nie wykazało objawów wzbudzających podejrzenie zgnilca złośliwego oraz została przeprowadzona likwidacja zarazka w ognisku zakażenia. O likwidacji zgnilca złośliwego są powiadamiane wszystkie władze i urzędy, które powiadomiono o wybuchu choroby. Wygaśnięcie zarazy jest również podawane do wiadomości publicznej, podobnie jak i jej wystąpienie. W przypadku gdy zostało wydane zarządzenie odnośnie zniszczenia pni, właścicielowi, który wykonał wszystkie zarządzenia, przysługuje prawo do odszkodowania w wysokości 75% wartości szacunkowej. Leczenie z zastosowaniem antybiotyków i sulfonamidów oraz związków nitrofuranowych wymaga każdorazowo oznaczania wrażliwości szczepów B. larvae na te preparaty oraz stosowania leków o możliwie wąskim spektrum działania. Preferowanie w niektórych krajach antybiotyków przyczyniło się do wzrostu liczby szczepów B. larvae opornych na te preparaty oraz występowanie oporności krzyżowej. Leki stosowane w terapii zgnilca złośliwego nie wpływają szkodliwie na czerw, robotnice i czerwienie matek. Przeciwnie, niektóre z nich w dawkach terapeutycznych pobudzają czerwienie i zwiększają produkcyjność rodziny.