Odporność naturalna (fizjologiczna) zależy od właściwości fizjologicznych organizmu czerwia i pszczół, nie wykazuje cech swoistości i ujawnia się przy pierwszym zetknięciu owada z zarazkami Jest ona uwarunkowana genetycznie oraz wpływem warunków środowiska, w jakim bytują pszczoły. Odporność naturalna zależy od rasy, wieku i stadium rozwojowego owada. Istnieją rasy pszczół odporne na zgnilec złośliwy. Tylko czerw choruje na zgnilec złośliwy, kiślicę, chorobę woreczkową i grzybicę otorbielakową. Odwrotne zjawisko obserwuje się w chorobie zarodnikowcowej i roztoczowej, na które chorują jedynie pszczoły. Odporność naturalna jest odpornością względną, ponieważ może zostać przełamana przy zakażeniu dużą dawką wysoce zjadliwych zarazków lub po wniknięciu zarazków przez inne wrota zakażenia niż w przypadku zakażeń naturalnych. Odporność związana z wiekiem pszczół występuje w chorobie zarodnikowcowej i roztoczowej. Pszczoły w wieku ponad 10 dni są odporne na zarażenie tchawek Acarapis woodi, a na chorobę zarodnikowcową chorują z reguły pszczoły starsze. Wśród mechanizmów odporności naturalnej bardzo ważną rolę spełniają bariery chroniące ustrój owada przed zakażeniem. Do nich należą: specyficzna budowa i właściwości okrywy ciała, przewodu pokarmowego i układu oddechowego, mechanizmy hamowania zakażeń w przewodzie pokarmowym i hemocelu, odczyn hemocytarny, występowanie niespecyficznych substancji o działaniu antybakteryjnym, przeciwgrzybiczym i przeciwpasożytniczym w płynach, tkankach i wydzielinach zdrowych owadów.
