Charakterystyczne objawy występują pod koniec choroby i poprzedzają śmierć rodziny. W postaci utajonej, a szczególnie w postaci skrytej objawy kliniczne zupełnie nie występują. Podejrzenie choroby należy w każdym przypadku potwierdzić badaniem laboratoryjnym. Instrukcja nr 2 Ministerstwa Rolnictwa z dnia 15 października 1966 r. zaleca coroczne badanie martwych pszczół z osypu zimowego, pobranych z dennicy przed pierwszym oblotem. Badanie należy wykonać metodą Kirkora. Polega ona na roztarciu odwłoków 10-30 pszczół z niewielką ilością wody, sporządzeniu preparatu w kropli i oglądaniu pod mikroskopem przy obniżonym kondensorze przy powiększeniu 40CH-600x. W preparacie mikroskopowym spory N. apis występują w postaci owalnych tworów silnie łamiących światło. W celu dokładnego ustalenia stopnia zarażenia rodziny przeprowadza się badanie indywidualne każdej pszczoły. Hartwig opracowała standaryzowaną metodę badania próbek pszczół. Polega ona na określeniu objętości badanych pszczół w cylindrze miarowym, roztarciu ich odwłoków w takiej samej objętości wody i oglądaniu kropli rozcieru pod mikroskopem. Natężenie zarażenia określa się wg schematu: + (zarażenie słabe) — pojedyncze zarodniki w polu widzenia, + + (zarażenie średnie) — w każdym polu widzenia liczne zarodniki nie stykające się z sobą, +++ (silne zarażenie) — bardzo liczne zarodniki w polu widzenia, które stykają się z sobą. W celu łatwiejszej identyfikacji spor N. apis niektórzy autorzy zalecają barwienie preparatów mikroskopowych metodą Ziehl-Nelsena, błękitem metylenowym i Giemzy. W obrazie mikroskopowym należy odróżnić spory N. apis od często spotykanych komórek drożdży i grzybów, kropelek tłuszczu, cyst Malpighamoeba mellifica, ziarn pyłku i pęcherzyków powietrza. Komórki drożdżaków są polimorficzne, niekiedy pączkują. Zarodniki grzybów mają kształt nieregularny lub owalny i mniejsze wymiary od spor N. apis. Ziarna pyłku są różno- kształtne, o nierównych, często powycinanych brzegach lub koncentrycznej budowie. Pęcherzyki powietrza w obrazie mikroskopowym są okrągłe i nie przyjmują barwników. Mają one czarną otoczkę. Cysty M. mellifica są okrągłe i większe od spor N. apis. Jednorazowy wynik badania nie zawsze wyklucza chorobę, ponieważ chore pszczoły nie zawsze trafiają do badanych próbek. Dlatego też z chwilą stwierdzenia choroby zarodnikowcowej w jednej rodzinie, leczeniu podlegają wszystkie rodziny w pasiece. Dokładne określenie liczby spor w organizmie pszczoły umożliwia metoda hemocytometryczna. Do badania należy pobrać 25÷30 pszczół starszych (przed lub po powrocie z lotu) z wejścia do ula. Przy pogodzie nie sprzyjającej lotom, badania wykonuje się z pszczołami pobranymi z kłębu lub górnych partii plastrów. Każdą pszczołę poddaje się narkozie eterowej lub CO2, rozciera odwłok w 1 ml wody i określa liczbę spor w otrzymanej zawiesinie w sposób identyczny do obliczania liczby krwinek czerwonych. W wielu krajach są przeprowadzane orientacyjne badania stopnia zarażenia rodziny na podstawie badania kału oddawanego przez pszczoły na szkiełka wstawione na dno ula, papier lub płytki szklane wyłożone przed wylotem ula podczas pierwszego lotu oczyszczającego. Płytki szklane o wymiarach 30 X 45 cm ustawia się na wysokości 15 cm, na ziemi przed wylotem ula. Po godzinie należy zeskrobać kał, rozcieńczyć go wodą i badać na obecność spor N. apis.