W rodzinie zdrowej występuje bogata i bardzo zróżnicowana mikroflora i mikrofauna, utworzona przez saprofityczne bakterie, glony, grzyby, pierwotniaki i roztocza. Flora saprofityczna bierze udział w procesach antybiozy w organizmie czerwia i pszczół, konserwacji, a niekiedy i uszkodzeniu zapasów pokarmu (miód i wosk). Ponadto może ona stanowić potencjalne źródło zakażenia w osłabionych i chorych rodzinach. Skład flory saprofitycznej zależy od składu roślinności na terenach, na których usytuowane są ule, rodzaju zapasów i pory roku. Istnieje przy tym dość ścisła korelacja między stopniem zanieczyszczenia środowiska mikroorganizmami i rodzajem mikroorganizmów, występujących w środowisku i ich występowaniem w rodzinie. Większość flory bakteryjnej i grzybiczej rodziny pochodzi z roślin lub wody. W skład mikroflory miodu wchodzą przede wszystkim grzyby osmofilne (Saccharomyces rowcii, S. mellis), drożdżaki z rodzaju Torulopsis, Gram dodatnie, katalazo-ujemne bakterie, głównie z rodzaju Brevibacterium. Znacznie bogatsza jest mikroflora zapasów pyłku. Tworzą ją zasadniczo trzy grupy mikroorganizmów z rodzaju Pseudomoms, Lactobacilłus i Saccharomyces, Powstający w procesach fermentacji drobnoustrojowej kwas mlekowy wywiera działanie stabilizujące i konserwujące na pyłek. W pyłku występują ponadto drobnoustroje z rodzaju Enterobacter-Cloacae, Proteus (Pr. vulgaris), Candida (C sake), Bacillus (B. cereus, B. subtilis, B. megatherium). W skład mikrofauny saprofitycznej wchodzi ponad 65 gatunków roztoczy, głównie z rodziny Gamasoidea, Ixodidae, Chelatidae, Acaridae ioribatidae. W miodzie występują często Glycophagus domesticus, Parasitus fucorum iAmerascius sp.
